Een DNA-test voor bepaling van de kansen van een recidief van borstkanker te verkrijgen bij commercieel instituut in Nederland
 

Lees ook hier meer over andere goedkopere testen voor borstkanker waaronder de AMAStest.

d.d. 2 februari 2004:
Zaterdag 31 januari 2004 staat in de NRC een groot artikel in de bijlage Wetenschap en Onderwijs over een bedrijf Agendia - dochter van het Amerikaanse Agilent Tecnology  blijkt - dat commercieel een borstkankertest aanbiedt die aangeeft hoeveel risico een patiënt heeft op een recidief van borstkanker na bv. operatie en/of andere behandelingen. Zie ook afstudeerproject van Dr. Laura van 't Veer en bijbehorend interview in de Volkskrant van 1 februari 2002 hier bij deze artikelen, een van de oprichters/directeuren van deze commerciële instelling blijkt. Op 1 februari 2002 publiceerde de Volkskrant nog een interview met dr. van 't Veer waarin zij stelde dat het nog wel vijf jaar zou duren voor deze techniek beschikbaar zou komen voor patiënten. Blijkbaar is ze dus direct na haar bevindingen commercieel gegaan met enkele andere 'onderzoekers/artsen' uit het NKI en heeft daar veel tijd mee gewonnen blijkbaar want nu al 2 jaar na dato is die techniek dus commercieel verkrijgbaar in zowel Nederland als al eerder in Amerika.

 Blijkbaar is het in de gezondheidszorg en wetenschap niet meer mogelijk om wetenschap te bedrijven zonder sponsoring en de commerciële belangen veilig te stellen. Wat zou de regering en Tweede Kamer hier toch van vinden? Voor de zoveelste keer verwijzen we naar de Fase III studies naar autovaccinatie bij darmkankerpatiënten die ondanks groot positief effect afgebroken is drie jaar geleden omdat er geen geld beschikbaar zou zijn of beter gezegd omdat het belanghebbende farmaceutische bedrijf als sponsor zich terugtrok (misschien wel omdat die autovaccinatie hun chemo's overbodig zou maken?, vraag je je dan af als leek). Nu met deze commerciële aanpak wordt een bepaalde techniek en ontwikkeling wel beschikbaar maar bepalen commercieel belanghebbenden hoe en wat. Nou ja het zij zo. Hieronder een stukje uit het artikel van de NRC en wat gekopieerde teksten van de websites van zowel Agendia en Agilent met adressen en contactpersonen. 

Uit het artikel van de NRC als eerste:

'De test op genactiviteit in borsttumoren begint na de dagelijkse postbezorging. Speciaal ontworpen potjes en enveloppen bevatten vers-weggeopereerde stukjes borsttumor (1). Agendia-laboranten isoleren daaruit RNA. De RNA-moleculen zijn kopieën van de genen die actief waren in de tumor. Veel RNA van een bepaald gen betekent dat dat gen erg actief is. Na zuivering en labeling met een fluorescerende stof wordt het opgeloste RNA in een klein reactievaatje gebracht. De reactievaatjes liggen met hun achten op een microscoopglaasje, begrensd door kunststof ringetjes. Als `deksel' wordt een micro-array gebruikt (2). De micro-array is een microscoopglaasje waarop achtmaal fragmenten zijn `geprint' van de 80 genen die de agressiviteit van een borsttumor voorspellen. Het micro-array is zo gemaakt dat ieder reactievaatje op zijn deksel de spots van 80 genen bevat. Het RNA uit de borsttumoren wordt urenlang, rustig ronddraaiend in een thermostaat, met de spots in contact gebracht (3). In die tijd binden de mRNA's van de te meten genen aan hun spots. In een geavanceerde micro-array-lezer tast een laser de bundels af en meet de intensiteit van de fluorescerende labels aan het gebonden mRNA (4). Veel intensiteit wijst op een erg actief gen. Een rekenprogramma verwerkt de genactiviteiten tot een voorspelling van `hoog risico' of `laag risico' op terugkeer van de borsttumor.' 

Van de website van Agendia:

Why a breast cancer prognosis test? 

Breast cancer that has not yet spread to other parts of the body (so called "lymph node-negative" breast cancer) has a relatively good prognosis. Only some 30% of women under the age of 55 years having this type of breast cancer will, after surgical removal of the tumor, experience a recurrence of the disease in another part of the body (metastasis) within ten years. The problem is that it is very difficult with the current methods to determine which women are at high risk to develop such metastases and therefore need additional therapy (either chemotherapy, hormonal therapy or a combination thereof). In Europe the current clinical practice is that some 85% of women with lymph node-negative breast cancer get additional (adjuvant) therapy after surgery, whereas historical data show that only some 30% of these women are at risk to develop progressive disease. In the USA this number is even higher: some 93% of women get further therapy after surgery. This means that some 55% (in Europe) or even 63% (USA) of women with lymph node-negative breast cancer are over-treated with unnecessary additional (chemo)therapy. Agendia’s breast cancer prognosis test can assist oncologists to estimate the risk that metastases will occur in individual patients with lymph node-negative breast cancer and make a patient-tailored treatment plan that is based on Agendia’s detailed determination of the intrinsic properties of the tumor of each breast cancer patient. 

How does the breast cancer prognosis test work? 

Scientists working with Agendia have reported in two landmark publications in top international scientific journals1,2, that the propensity of breast cancer tumors to spread to other parts of the body can be foretold by measuring the activity of some 70 genes in the breast cancer tumor of individual patients. This technology involves state of the art DNA microarrays, combined with fluorescent laser scanning detection, to measure the activity of genes within a tumor sample. The resulting pattern of gene activity is then interpreted by a computer program to predict the risk that metastases will occur in the patient from which the tumor was derived. 

What do we need to perform the test? 

To perform the breast cancer prognosis test, Agendia needs a small surgical sample of each breast tumor. The tumor sample should NOT be fixed in formalin and paraffin as this causes irreversible damage to the RNA, which forms the basis of the breast cancer prognosis test. It is most important that this tumor sample is preserved under conditions provided by Agendia. It is therefore imperative that you inform your oncologist before surgery of your wish to have the breast cancer prognosis test performed by Agendia. We can then supply your oncologist with instructions how to send the tumor sample to Agendia’s laboratories in Amsterdam, The Netherlands. Once the sample is received in our laboratories, we will report the result of the test on average within ten working days to your oncologist. 

What can we tell your oncologist? 

The breast cancer prognosis test as performed by Agendia classifies each breast cancer tumor in one of two categories: "low risk" and "high risk". A "low risk" tumor means that the patient is at low risk to develop metastases in the first 10 years after surgery, a patient having a "high risk" tumor is at high risk to develop metastases. Based on comparison to a panel of 151 lymph node negative breast cancer tumor samples of known disease outcome, a patient having a "low risk" breast cancer will have a 87 (+or–5)% chance of remaining free of distant metastases over 10 years and a 97 (+or-2)% chance to be alive after 10 years. Conversely, a patient having a "high risk" breast cancer will have a 44 (+or–6)% chance of remaining free of distant metastases over 10 years and a 50 (+or-6)% chance to be alive after 10 years (source: Van de Vijver et al. New England Journal of Medicine Vol. 347, p 1999-2009, 2002). It is important to realize that these numbers are estimates based on comparison to a historical series of breast cancer tumor samples. Agendia is currently performing large-scale clinical trials of the breast cancer prognosis test in some 13,000 breast cancer patients to further evaluate how accurate the breast cancer prognosis signature is in predicting disease outcome. After this work is completed (expected by the end of 2006), we will have a more accurate risk assessment for the two categories of breast cancer that are identified by Agendia’s breast cancer prognosis test. 

Contact information
Postal address 
Agendia BV
Slotervaart Hospital 9D
Louwesweg 6
1066 EC Amsterdam
The Netherlands
Contact 
General: Please use our contact form 
Webmaster: webmaster@agendia.com  

Agendia working to develop first microarray-based breast cancer test using Agilent Technologies' gene expression platform 
Authors of landmark breast cancer study form new company to advance application of their breast cancer research findings to healthcare

PALO ALTO, Calif. and AMSTERDAM, Netherlands, Aug. 21, 2003 


--------------------------------------------------------------------------------

Van de website van Agilent:

Agilent Technologies Inc. (NYSE: A) and Agendia B.V. today announced that Agendia has selected Agilent's custom microarrays as the platform for its cancer research with the aim of validating the technology for potential clinical and diagnostic applications. Agendia is a recently incorporated diagnostic services company in the Netherlands that is working toward developing the first microarray-based diagnostic test to predict the aggressiveness of breast cancer tumors based on the activity of key genes.

Microarray technologies are not currently approved for diagnostic use in the United States. Agendia will handle the microarray analysis of all samples in the Netherlands.

Agendia was formed by researchers from the Netherlands Cancer Institute (NKI) in Amsterdam who co-authored a set of landmark studies reported last year in the New England Journal of Medicine(1) and Nature(2). NKI, together with Rosetta Inpharmatics, a wholly owned subsidiary of Merck & Co. Inc., conducted the original breast cancer research using custom microarrays from Agilent Technologies and archived tissue samples. In these studies, researchers identified gene expression signature patterns that correlate to aggressive tumors and those tumors less likely to spread. While further research is necessary, the study concluded that gene expression information has the potential to assist physicians in determining which patients may benefit from follow-up chemotherapy and which patients could possibly forego it, thereby reducing the amount of unnecessary adjuvant chemotherapy.

"The intrinsic characteristics of a tumor are of clinical significance because they determine, for example, the tumor's ability to metastasize or respond to drug treatment," explained Dr Laura J. van 't Veer, PhD, co-founder of Agendia and head of the Family Cancer Clinic, NKI. "Microarray technology can be used to measure the activity of many tumor genes simultaneously, and the research with Rosetta has shown it has potential to predict a disease's outcome. The reliability and reproducibility of Agilent's microarrays have greatly contributed to our ability to identify this gene expression signature."

Agendia plans to independently develop microarray-based tests for various diseases based on gene expression profiles. Such diagnostic tools could enable higher quality clinical management for cancer patients, help physicians personalize treatments for individual patients, and identify prognostic patterns that could facilitate the discovery of novel drug targets or expedite pre-clinical and clinical drug development.

"Agilent works closely with leading researchers to supply microarrays that are useful for the identification of gene expression patterns for various diseases," said Barney Saunders, vice president of Agilent's BioResearch Solutions unit. "With our 'quick-turn' ink-jet manufacturing technology, we can create microarrays that reflect the latest in genetic knowledge and can be affordably customized to incorporate new or proprietary information. This, combined with the exquisite sensitivity of Agilent's 60mer microarrays and scanner, is helping researchers look even more closely at the gene expression patterns associated with disease."

About Agendia

Agendia strives to become the leading global gene expression profiling service to all stakeholders in healthcare. Though not yet employed for clinical or diagnostic purposes, Agendia offers high-quality services based on microarray genomic profiling technology, which allows analyzing tumor samples for their complex intrinsic characteristics. Agendia's goal is to help secure high-quality medical treatment for cancer patients by assisting the prediction of outcome, helping enable targeted drug development and the pre-selection of patients eligible for resulting therapies. For more information on Agendia, please visit www.agendia.com 


--------------------------------------------------------------------------------
About Agilent Technologies 
Agilent Technologies Inc. (NYSE: A) is a global technology leader in communications, electronics, life sciences and chemical analysis. The company's 30,000 employees serve customers in more than 110 countries. Agilent had net revenue of $6 billion in fiscal year 2002. Information about Agilent is available on the Web at www.agilent.com 

# # #

(1) Marc J. van de Vijver, M.D., Ph.D. et. al: A Gene-Expression Signature as a Predictor of Survival in Breast Cancer. N Engl J Med. 2002 Dec 19;347(25):1999-2009.

(2) Van 'T Veer LJ, et al: Gene Expression Profiling Predicts Clinical Outcome of Breast Cancer. Nature 2002 Jan 31;415(6871):530-6

Contact:

Christina Maehr, Agilent
+1 408 553 7205
christina_maehr@agilent.com   

Laura van 't Veer, Agendia
+31 20 512 2754
l.vantveer@nki.nl  

DNA-test kan voorspellen of een patiënt wel of niet een recidief zal krijgen van borstkanker 
d.d. 2 februari 2004: Deze DNA test is inmiddels commercieel verkrijgbaar in Nederland bij een bedrijf waarvan dr. in 't Veer mededirecteur is. Lees alles daarover op deze pagina als aanvulling op onderstaand bericht. 

Bron: De Volkskrant 1 februari 2002

Onderzoekster: alle kankerpatiënten gebaat bij DNA-chip

'Binnen vijf jaar zal de DNA-chip een belangrijke rol spelen bij alle kankerdiagnostiek', voorspelt dr. L. van 't Veer van het Nederlands Kanker Instituut/Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis in Amsterdam. Met zo'n DNA-chip zijn de levenskansen van een kankerpatiënt beter te voorspellen en kan een behandelplan beter op die patiënt worden afgestemd.

De onderzoekster Van 't Veer publiceerde, samen met enkele collega's, donderdag in Nature een artikel over het gebruik van zo'n DNA-chip bij het opsporen van agressieve borsttumoren. Met de DNA-technologie is een onderscheid te maken tussen borsttumoren die zullen uitzaaien en tumoren die dat niet doen.

Borsttumoren worden bijna altijd verwijderd. Daarna volgt nu vaak een chemo- of hormoonkuur om dodelijke uitzaaiingen te voorkomen. Het is echter bekend dat ook zonder die kuren 70 procent van de vrouwen geen uitzaaiingen krijgt.
Voor deze vrouwen zou de behandeling dus eigenlijk niet nodig zijn.

Met de DNA-chip is met 90 procent zekerheid te voorspellen welke
borsttumoren zullen uitzaaien en welke niet. Dat betekent dat mensen met een goede prognose een chemokuur kan worden bespaard. Bij hen is vermoedelijk een minder schadelijke hormoonkuur voldoende. En mensen met een slechte prognose weten sneller waar ze aan toe zijn.

In Nederland komen er per jaar zo'n tienduizend patiënten met borstkanker bij. De helft van hen sterft aan de ziekte. In hoeverre die sterftecijfers omlaag zullen gaan wanneer de DNA-chip wordt toegepast, kan Van 't Veer nog niet zeggen.

Ze kon haar onderzoek uitvoeren dankzij de uitgebreide data- en weefselbank van het NKI. Daarin worden al vanaf 1983 anoniem klinische gegevens en ingevroren monsters bewaard van tumorweefsel.

In Nature wordt gesteld dat met de DNA-chip met 90 procent zekerheid kan worden voorspeld of een patiënt bij wie een tumor is weggehaald ten minste vijf jaar ziektevrij zal blijven. De ontwikkelingen zijn inmiddels al een stap verder. Het NKI is bezig met een onderzoek gebaseerd op tumorweefsel van driehonderd vrouwen, die een betrouwbare voorspelling voor tien jaar moet opleveren.

De eerste DNA-chips voor patiënten zijn pas over twee jaar beschikbaar.

Bron: de Volkskrant: Binnenland, vrijdag 1 februari 2002

Chips predict breast cancer outcome
Genetic profiling could help tailor treatment to tumour.
31 January 2002 
TOM CLARKE


Faint dots glowing on thumbnails of glass could help diagnose and treat breast cancer1. By revealing which genes are switched on in tumours, the dots may help doctors tailor therapy to maximize its effectiveness and minimize side-effects.

One in ten women in the United States and Britain get breast cancer; half die from it. How tumours look tells oncologists little about which ones might spread. So most women receive a toxic combination of hormone treatment and chemotherapy, in case cancer cells lurk elsewhere in their bodies.

Yet only about 20% of women have tumours aggressive enough to require this worst-case-scenario therapy. "The rest would be cured by radiotherapy and surgery alone," says cancer geneticist Samuel Aparicio of the University of Cambridge, UK.

Now Stephen Friend of Rosetta Inpharmatics in Kirkland, Washington, and his colleagues have developed a way to recognise aggressive tumours from the genes they express. If it works in the clinic, the technique should "significantly reduce the number of patients who receive unnecessary treatment", says Friend.

Portrait of a serial killer

Gene chips are covered with DNA strands modified to glow when they bind to a complementary strand of mRNA, the molecule that active genes produce in cells. So the chips reveal which genes are turned on.

By treating gene chips with samples from 78 breast tumours - from patients with known cancer outcomes - Friend's team built up gene profiles of aggressive tumours. They also found clues to what makes such tumours different. 

For example, some tumour cells expressed genes for an oestrogen receptor. Oestrogen stimulates the growth of certain tumours and can be suppressed with hormone therapy. The team also characterised tumours carrying the gene most often associated with familial breast cancer, BRCA1.

Such knowledge would make it possible to fit treatment to tumours, much as antibiotics are chosen to kill certain bacteria, says Carlos Caldas, also at Cambridge. "One day we may be treating cancers the same way as infectious diseases," he says.

Chips with everything

Although promising, Friend's gene chips are expensive and may not be suitable for screening the breast-cancer population at large, warns Aparicio.

What's more, the team knew their patients' prognoses already. Large trials with recently diagnosed breast-cancer patients are needed before gene chips can reach the clinic. 

Nonetheless, painting a tumour's genetic portrait is almost certainly the future of oncology, says Aparicio. In nearly all cancers, classifying what kind of tumour a person has is crucial to their long-term survival.

"This technique can, should and is being applied to other cancers," he says. Similar work has been done with lymphoma2 and investigations of other tumour types are to follow soon, he adds.


References
van't Veer, L. J et al. Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer. Nature, 415, 530 - 536, (2002). 
Shipp, M. A. et al. Diffuse large B-cell lymphoma outcome prediction by gene-expression profiling and supervised machine learning. Nature Medicine, 8, 68 - 74, (2002).